Depuis octobre 2018, l’Aquarium-Muséum est labellisé Wallonie Destination Qualité. Ce label signifie que l’Aquarium-Muséum s’engage dans une démarche de qualité qui vise à améliorer ses prestations de service et à répondre plus efficacement aux attentes des visiteurs.
Depuis mars 2014, l’Aquarium-Muséum est labellisé « Attraction touristique 4 soleils » par le Commissariat Général au Tourisme (CGT). En Wallonie, le terme « Attraction touristique » est une appellation protégée. De la même manière que les hôtels ont leurs « étoiles » et les gîtes leurs « épis », les attractions reconnues ont des « soleils ». Cette démarche vise à encourager un niveau d’excellence.
Depuis janvier 2010, l’Aquarium-Muséum, le pôle d’excellence de la biodiversité animale, est reconnu « Institution muséale de catégorie A » par la Fédération Wallonie-Bruxelles et comme « l’Institution phare dans le domaine de la muséologie des Sciences Naturelles ».
L’Aquarium-Muséum est membre de l’Union Européenne des Conservateurs d’Aquarium (EUAC) depuis sa création en 1972. À travers cette association, et celle de l’EAZA, l’Aquarium-Muséum travaille au sein d’un vaste réseau d’institutions partageant les mêmes valeurs et permettant l’échange de connaissances, le transfert d’animaux et la participation à des programmes de reproduction et de conservation.